Η μονή ιδρύθηκε το 1152 από τον σεβαστοκράτορα Ισαάκιο Κομνηνό, γιο του Αλεξίου Α΄ Κομνηνού και της Ειρήνης Δούκαινας, ο οποίος έχει ταφεί μέσα στο καθολικό, κάτω από τον τρουλίσκο της βορειοδυτικής γωνίας. Ο ίδιος μετέφερε εδώ τα γλυπτά του τάφου του, που είχε ετοιμάσει αρχικά στο καθολικό της Μονής της Χώρας, στην Κωνσταντινούπολη. Γύρω από το μοναστήρι σταδιακά αναπτύχθηκε μικρός οικισμός, που οχυρώθηκε με τείχος, καθώς βρισκόταν σε σημαντική θέση, στον δρόμο προς την Αδριανούπολη και την Κωνσταντινούπολη. Μετά το 1371 η μονή κατακτήθηκε από τον Λαλά Σαχίν και τον Εβρενός και το καθολικό της μετατράπηκε σε τέμενος του Σουλεϊμάν πασά, γιου του σουλτάνου Ορχάν. Το 1940 έγιναν εργασίες αποκατάστασης του ναού και ξεκίνησε πάλι η λειτουργία του.

Από το αρχικό μοναστηριακό συγκρότημα διατηρούνται μόνο τμήματα του οχυρωματικού περιβόλου και το καθολικό.
Το καθολικό, που απηχεί την τέχνη της Κωνσταντινούπολης του 12ου αιώνα, ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του πεντάτρουλου, απλού δικιόνιου σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού με νάρθηκα στα δυτικά. Στην περίοδο της Τουρκοκρατίας αλλοιώθηκαν τα παράθυρα των τρούλων και των αψίδων και κατεδαφίστηκε ο νάρθηκάς του. Οι τέσσερις αντηρίδες που υπάρχουν εξωτερικά είναι μεταγενέστερες.
Στο εσωτερικό του ναού, στη νοτιοανατολική γωνία, σώζεται εντοιχισμένο κεραμικό κόσμημα, στο οποίο απεικονίζεται ο μονοκέφαλος αετός, σύμβολο της δυναστείας των Κομνηνών της Τραπεζούντας. Επίσης, διατηρείται μέρος του τοιχογραφικού διακόσμου, που αποτελεί σημαντικό δείγμα της κωνσταντινοπολίτικης ζωγραφικής των μέσων του 12ου αιώνα. Μεταξύ άλλων εικονίζονται τέσσερις στρατιωτικές μορφές (ανά ζεύγη ανάμεσα στα τοξωτά παράθυρα του βόρειου και νότιου κλίτους), για την ταύτιση των οποίων έχει διατυπωθεί η άποψη ότι πιθανώς πρόκειται για προσωπογραφίες μελών της οικογένειας των Κομνηνών.

Ο ναός όχι άδικα αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία της Ελλάδας και έχει καθιερωθεί ως το Παγκόσμιο Προσκύνημα των απανταχού Θρακών.